Muốn khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp không chỉ cần có hóa đơn. Hồ sơ còn phải chứng minh hàng hóa, dịch vụ được sử dụng cho hoạt động chịu thuế GTGT và đáp ứng điều kiện về chứng từ thanh toán.

Quy định dưới đây áp dụng chủ yếu cho doanh nghiệp, hợp tác xã và cơ sở kinh doanh kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp trực tiếp không thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo cơ chế này.

Ba điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và quy định hướng dẫn tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, một khoản thuế GTGT đầu vào muốn được khấu trừ cần kiểm tra đồng thời ba nhóm điều kiện.

1. Có hóa đơn hoặc chứng từ thuế hợp pháp

Doanh nghiệp phải có một trong các chứng từ phù hợp với giao dịch:

Hóa đơn GTGT hợp pháp của bên bán.
Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
Chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài trong trường hợp pháp luật quy định bên Việt Nam phải kê khai, nộp thay.

Hóa đơn cần phản ánh giao dịch có thật, xác định được người bán, người mua, hàng hóa hoặc dịch vụ, giá tính thuế và số thuế GTGT. Thông tin trên hóa đơn phải phù hợp với hợp đồng, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, biên bản nghiệm thu và chứng từ thanh toán.

Một hóa đơn có đủ tên, mã số thuế và tiền thuế chưa đương nhiên là hóa đơn đầu vào được khấu trừ. Doanh nghiệp còn phải chứng minh giao dịch thực tế phát sinh và phục vụ hoạt động kinh doanh.

Nếu phát hiện hóa đơn bị bỏ sót, kế toán cần xác định kỳ kê khai và ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế trước khi áp dụng cách kê khai khi bỏ sót hóa đơn đầu vào, thay vì tự ý đưa hóa đơn vào một kỳ bất kỳ.

2. Hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động chịu thuế GTGT

Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ khi hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ sản xuất, kinh doanh hàng hóa hoặc dịch vụ chịu thuế GTGT.

Doanh nghiệp nên lưu hồ sơ thể hiện mục đích sử dụng, chẳng hạn:

Nguyên vật liệu có phiếu nhập kho, phiếu xuất kho và định mức sử dụng.
Máy móc có biên bản bàn giao, hồ sơ tài sản và bộ phận sử dụng.
Dịch vụ quảng cáo có hợp đồng, nội dung triển khai và báo cáo kết quả.
Dịch vụ tư vấn có hợp đồng, biên bản nghiệm thu và sản phẩm bàn giao.
Chi phí công tác có quyết định cử đi công tác, hóa đơn và chứng từ liên quan.

Nếu hàng hóa, dịch vụ được dùng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp phải hạch toán riêng phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Khi không thể hạch toán riêng, việc phân bổ phải thực hiện theo quy định áp dụng cho kỳ tính thuế.

Khoản mua phục vụ nhu cầu cá nhân, không liên quan đến hoạt động kinh doanh hoặc không chứng minh được mục đích sử dụng có nguy cơ không được khấu trừ. Doanh nghiệp có thể tổ chức hồ sơ theo từng nghiệp vụ kế toán thuế GTGT để liên kết hóa đơn, hạch toán, kê khai và thanh toán.

3. Có chứng từ thanh toán phù hợp

Khi giao dịch thuộc diện phải thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp cần có chứng từ thể hiện dòng tiền hoặc phương thức thanh toán hợp pháp. Chỉ có phiếu chi tiền mặt, giấy biên nhận tiền hoặc xác nhận đã thu tiền của bên bán không thay thế được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Chứng từ phải có khả năng đối chiếu với hóa đơn và giao dịch. Nội dung cần nhận diện được bên trả tiền, bên nhận tiền, số tiền, thời điểm và căn cứ thanh toán.

Đối chiếu thời điểm và ngưỡng thanh toán

Ảnh minh hoạ: Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào mới nhất

Không nên áp dụng một ngưỡng duy nhất cho mọi hóa đơn cũ và mới. Trước tiên, doanh nghiệp cần đối chiếu:

Ngày phát sinh giao dịch và ngày lập hóa đơn.
Thời điểm nhận hàng hoặc hoàn thành dịch vụ.
Điều khoản và hạn thanh toán trong hợp đồng.
Thời điểm thực tế trả tiền.
Văn bản thuế có hiệu lực tại kỳ phát sinh.

Giao dịch thuộc quy định từ ngày 1/7/2025

Theo Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, hàng hóa, dịch vụ mua vào, bao gồm hàng nhập khẩu, có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ trường hợp đặc thù được pháp luật quy định khác.

Nếu mua nhiều lần trong cùng một ngày của cùng một người bán, từng lần dưới 5 triệu đồng nhưng tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp cũng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện khấu trừ.

Ví dụ minh họa: doanh nghiệp mua hai lô vật tư trong cùng ngày từ một nhà cung cấp, một hóa đơn 2,2 triệu đồng và một hóa đơn 3,3 triệu đồng. Tổng giá trị mua trong ngày là 5,5 triệu đồng, vì vậy cần kiểm tra chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Giao dịch phát sinh trước ngày 1/7/2025

Các kỳ trước ngày 1/7/2025 phải được xem xét theo Luật Thuế GTGT, Thông tư số 219/2013/TT-BTC và các văn bản sửa đổi có hiệu lực tại thời điểm phát sinh. Ngưỡng thanh toán qua ngân hàng được áp dụng phổ biến trong giai đoạn này là từ 20 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT.

Với hợp đồng trả chậm hoặc giao dịch kéo dài qua thời điểm thay đổi pháp luật, không nên chỉ căn cứ ngày chuyển tiền. Kế toán cần đối chiếu toàn bộ ngày hóa đơn, ngày hoàn thành giao dịch, hạn thanh toán và quy định chuyển tiếp. Trường hợp có ảnh hưởng đáng kể đến số thuế phải nộp nên được rà soát riêng trước khi kê khai hoặc khai bổ sung.

Hồ sơ theo từng phương thức thanh toán

Chuyển khoản từ tài khoản doanh nghiệp

Đây là phương thức dễ đối chiếu nhất. Bộ hồ sơ nên có:

Hợp đồng, đơn đặt hàng hoặc đề nghị mua hàng.
Hóa đơn GTGT.
Phiếu nhập kho, biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu.
Ủy nhiệm chi, lệnh chuyển tiền hoặc chứng từ điện tử.
Sao kê hoặc báo nợ thể hiện tiền đã chuyển cho bên bán.
Biên bản đối chiếu công nợ nếu thanh toán theo nhiều đợt.

Tên người nhận, số tiền và nội dung chuyển khoản cần phù hợp với hợp đồng, hóa đơn hoặc hồ sơ công nợ. Nếu chuyển nhầm tài khoản, chuyển thiếu hoặc chuyển cho chủ thể khác bên bán, doanh nghiệp phải có căn cứ pháp lý giải thích quan hệ thanh toán.

Thanh toán bằng thẻ, QR hoặc trung gian thanh toán

Thanh toán bằng thẻ doanh nghiệp, QR từ tài khoản doanh nghiệp hoặc dịch vụ trung gian thanh toán hợp pháp có thể được xem là thanh toán không dùng tiền mặt nếu chứng từ xác định được dòng tiền.

Hồ sơ nên lưu:

Hóa đơn mang thông tin doanh nghiệp.
Hóa đơn hoặc biên lai của đơn vị cung cấp dịch vụ thanh toán nếu có.
Sao kê thẻ hoặc tài khoản.
Thông báo giao dịch thành công.
Hồ sơ mua hàng, giao nhận hoặc nghiệm thu.

Ảnh chụp màn hình đơn lẻ, không thể hiện rõ người trả và người nhận, thường chưa đủ để giải trình toàn bộ giao dịch. Doanh nghiệp nên tải chứng từ chính thức từ ngân hàng hoặc đơn vị trung gian thanh toán.

Người lao động thanh toán trước bằng tài khoản cá nhân

Trường hợp người lao động được giao mua hàng hoặc thanh toán chi phí phục vụ hoạt động kinh doanh, hồ sơ cần thể hiện rõ cơ chế ủy quyền và hoàn ứng. Nên có:

Quy chế tài chính, quy chế chi tiêu hoặc quy định nội bộ cho phép người lao động thanh toán.
Quyết định cử đi công tác, giấy đề nghị mua hàng hoặc văn bản giao nhiệm vụ.
Hóa đơn lập cho doanh nghiệp.
Chứng từ người lao động thanh toán không dùng tiền mặt cho bên bán.
Hồ sơ giao nhận, nghiệm thu hoặc chứng minh mục đích sử dụng.
Chứng từ doanh nghiệp hoàn trả cho người lao động bằng phương thức không dùng tiền mặt.

Ví dụ: nhân viên được cử đi công tác, dùng thẻ cá nhân thanh toán tiền lưu trú thuộc diện phải có chứng từ không dùng tiền mặt. Hồ sơ cần có quyết định công tác, hóa đơn mang thông tin doanh nghiệp, sao kê thẻ của nhân viên, quy chế nội bộ và chứng từ doanh nghiệp chuyển khoản hoàn ứng.

Nếu nhân viên trả tiền mặt cho nhà cung cấp rồi doanh nghiệp chuyển khoản hoàn lại cho nhân viên, việc hoàn ứng không tự biến khoản thanh toán tiền mặt ban đầu thành thanh toán không dùng tiền mặt.

Thanh toán bù trừ công nợ

Doanh nghiệp vừa mua vừa bán hàng hóa, dịch vụ với cùng một đối tác có thể thanh toán bằng bù trừ công nợ nếu phương thức này được thỏa thuận và có hồ sơ rõ ràng.

Bộ hồ sơ thường gồm:

Hợp đồng mua và hợp đồng bán.
Hóa đơn của hai chiều giao dịch.
Biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu.
Biên bản đối chiếu công nợ.
Biên bản xác nhận bù trừ công nợ có chữ ký của các bên.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với phần còn lại phải trả, nếu phần còn lại thuộc diện áp dụng.

Không nên chỉ ghi “đã bù trừ” trên sổ kế toán mà thiếu điều khoản hợp đồng và xác nhận của đối tác.

Thanh toán qua bên thứ ba hoặc theo ủy quyền

Hợp đồng có thể quy định một bên thứ ba thanh toán thay người mua hoặc người mua thanh toán cho một chủ thể khác theo chỉ định của bên bán. Hồ sơ cần chứng minh đây là phương thức thanh toán được các bên thống nhất, không phải dòng tiền không rõ nguồn gốc.

Doanh nghiệp nên lưu:

Hợp đồng có điều khoản thanh toán qua bên thứ ba hoặc văn bản bổ sung ký trước khi thanh toán.
Văn bản ủy quyền hoặc chỉ định thanh toán.
Hồ sơ thể hiện quan hệ giữa các bên.
Chứng từ chuyển tiền của bên thanh toán đến bên nhận.
Biên bản xác nhận nghĩa vụ đã được thanh toán.
Đối chiếu công nợ sau thanh toán.

Nếu hóa đơn đứng tên doanh nghiệp nhưng tiền được chuyển từ một tài khoản không liên quan và không có thỏa thuận hợp pháp, khoản thuế đầu vào có rủi ro bị bác khi kiểm tra.

Mua hàng trả chậm hoặc trả góp

Khi chưa đến hạn thanh toán theo hợp đồng, doanh nghiệp có thể kê khai khấu trừ nếu đã có hóa đơn và hồ sơ mua hàng phù hợp. Tuy nhiên, khi đến hạn trả tiền, doanh nghiệp phải bổ sung chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch thuộc diện áp dụng.

Hồ sơ nên có:

Hợp đồng ghi rõ lịch thanh toán.
Hóa đơn GTGT.
Biên bản giao nhận hoặc nghiệm thu.
Bảng theo dõi công nợ và hạn thanh toán.
Chứng từ thanh toán từng đợt.

Nếu đã đến hạn nhưng không có chứng từ hợp lệ, kế toán phải đánh giá nghĩa vụ điều chỉnh theo quy định của kỳ liên quan. Trường hợp khai sai làm thay đổi số thuế, cần xử lý theo nguyên tắc khai bổ sung; doanh nghiệp có thể tham khảo quy trình khai bổ sung làm giảm thuế GTGT phải nộp để phân biệt kỳ sai sót và kỳ thực hiện điều chỉnh.

Thanh toán bằng tiền mặt

Tiền mặt chỉ đáp ứng điều kiện thanh toán trong trường hợp giao dịch không thuộc diện bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt hoặc thuộc ngoại lệ được pháp luật cho phép.

Các chứng từ sau không được xem là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt:

Phiếu thu hoặc phiếu chi tiền mặt.
Giấy biên nhận tiền của bên bán.
Thanh toán tiền mặt khi giao hàng.
Nộp tiền mặt trực tiếp vào tài khoản bên bán nhưng không đáp ứng bản chất của phương thức thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.

Doanh nghiệp không nên chia nhỏ hóa đơn, chia nhỏ lần mua hoặc thanh toán nhằm né điều kiện chứng từ. Khi mua nhiều lần trong cùng ngày từ cùng một người bán, kế toán phải cộng tổng giá trị để kiểm tra ngưỡng áp dụng.

Hàng hóa nhập khẩu

Hồ sơ khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu thường cần:

Hợp đồng ngoại thương và chứng từ thương mại.
Tờ khai hải quan.
Chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi thuộc diện áp dụng.
Vận đơn, chứng từ giao nhận và hồ sơ nhập kho.

Số thuế được khấu trừ phải đối chiếu với chứng từ nộp ngân sách và tình trạng thông quan, không chỉ căn cứ hóa đơn thương mại của nhà cung cấp nước ngoài.

Các trường hợp thường không được khấu trừ

Thuế GTGT đầu vào có nguy cơ bị loại khi:

Không có hóa đơn GTGT hoặc chứng từ nộp thuế phù hợp.
Hóa đơn không phản ánh giao dịch thực tế.
Không chứng minh được hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động chịu thuế.
Hóa đơn mang tên cá nhân trong khi doanh nghiệp không có hồ sơ giải trình phù hợp.
Thanh toán bằng tiền mặt đối với giao dịch bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt.
Chuyển tiền cho chủ thể khác bên bán nhưng không có thỏa thuận thanh toán qua bên thứ ba.
Bù trừ công nợ nhưng thiếu hợp đồng, biên bản đối chiếu hoặc xác nhận bù trừ.
Đã đến hạn thanh toán trả chậm nhưng không bổ sung được chứng từ theo quy định.
Mua nhiều lần trong cùng ngày từ một nhà cung cấp nhưng không cộng tổng giá trị để kiểm tra điều kiện.
Hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động không chịu thuế hoặc nhu cầu cá nhân mà không hạch toán riêng.

Việc không được khấu trừ thuế GTGT không đồng nghĩa khoản chi chắc chắn được tính vào chi phí thuế TNDN. Hai sắc thuế có điều kiện riêng. Khi quyết toán, doanh nghiệp nên kiểm tra thêm các nhóm chi phí dễ bị loại khi quyết toán thuế TNDN.

Quy trình tự kiểm tra hóa đơn đầu vào

Doanh nghiệp có thể rà soát theo trình tự sau:

Bước 1: Xác định phương pháp tính thuế

Kiểm tra doanh nghiệp đang kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay trực tiếp. Chỉ phương pháp khấu trừ mới phát sinh cơ chế khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo các điều kiện nêu trên.

Bước 2: Kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn

Đối chiếu thông tin người bán, người mua, mã số thuế, nội dung hàng hóa, ngày lập hóa đơn, giá tính thuế và tiền thuế. Kiểm tra thêm hợp đồng, giao nhận và tình trạng hoạt động của nhà cung cấp khi có dấu hiệu rủi ro.

Bước 3: Chứng minh mục đích sử dụng

Gắn hóa đơn với bộ phận sử dụng, công trình, hợp đồng đầu ra, kho hàng hoặc hoạt động kinh doanh cụ thể. Nếu sử dụng chung cho nhiều hoạt động, xác định nguyên tắc hạch toán và phân bổ.

Bước 4: Xác định đúng mốc pháp luật

Phân loại giao dịch trước và từ ngày 1/7/2025. Với hợp đồng trả chậm kéo dài qua hai giai đoạn, cần xem xét riêng thay vì chỉ căn cứ ngày hóa đơn hoặc ngày chuyển tiền.

Bước 5: Cộng các lần mua trong cùng ngày

Lọc theo mã số thuế người bán và ngày mua để phát hiện nhiều hóa đơn từ cùng một nhà cung cấp. Sau đó cộng tổng giá trị đã bao gồm thuế GTGT nhằm xác định yêu cầu thanh toán.

Bước 6: Ghép chứng từ thanh toán

Mỗi giao dịch nên có mã hồ sơ hoặc nội dung tham chiếu để nối hóa đơn với hợp đồng, công nợ và dòng tiền. Với một khoản chuyển thanh toán cho nhiều hóa đơn, cần có bảng kê hoặc biên bản đối chiếu chỉ rõ số tiền phân bổ.

Bước 7: Kiểm tra hạn thanh toán

Lập danh sách hóa đơn trả chậm, ngày đến hạn và tình trạng chứng từ. Việc theo dõi này giúp phát hiện khoản đã kê khai nhưng đến hạn vẫn chưa đáp ứng điều kiện thanh toán.

Bước 8: Xử lý sai sót trước khi quyết toán

Nếu thiếu hồ sơ, doanh nghiệp cần bổ sung chứng từ có thật, điều chỉnh hạch toán hoặc khai bổ sung theo đúng bản chất. Không lập lùi ngày, hợp thức hóa giao dịch không có thật hoặc tạo dòng tiền vòng để đối phó kiểm tra.

Ví dụ bộ hồ sơ hoàn chỉnh

Một doanh nghiệp mua dịch vụ phần mềm phục vụ hoạt động chịu thuế, tổng tiền thanh toán thuộc diện phải có chứng từ không dùng tiền mặt. Bộ hồ sơ có thể gồm:

Đề nghị mua phần mềm được phê duyệt.
Hợp đồng hoặc đơn đặt hàng.
Hóa đơn GTGT lập cho doanh nghiệp.
Biên bản bàn giao tài khoản, quyền sử dụng hoặc nghiệm thu dịch vụ.
Ủy nhiệm chi và báo nợ ngân hàng.
Tài liệu thể hiện phần mềm được sử dụng cho hoạt động kinh doanh.
Bút toán hạch toán và tờ khai thuế GTGT có liên quan.

Không phải giao dịch nào cũng cần đúng bộ tài liệu giống nhau. Hồ sơ phải phù hợp với bản chất của hàng hóa, dịch vụ và phương thức thanh toán.

Căn cứ pháp lý đang áp dụng

Các văn bản chính cần đối chiếu gồm:

Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, đặc biệt là Điều 14 về khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, có hiệu lực từ ngày 1/7/2025.
Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và văn bản hướng dẫn đối với kê khai, khai bổ sung và quản lý chứng từ.
Nghị định số 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 70/2025/NĐ-CP.
Thông tư số 219/2013/TT-BTC và các văn bản sửa đổi đối với những kỳ thuế phát sinh trước ngày 1/7/2025, trong phạm vi còn liên quan đến giai đoạn đó.

Văn bản áp dụng có thể khác nhau theo thời điểm giao dịch và tình trạng hồ sơ. Doanh nghiệp tại Đà Nẵng hoặc Huế nếu không có bộ phận chuyên trách có thể sử dụng dịch vụ kế toán, khai báo thuế và quyết toán thuế để rà soát hóa đơn, chứng từ thanh toán và kỳ kê khai trước khi cơ quan thuế kiểm tra. Khi lựa chọn dịch vụ kế toán Đà Nẵng hoặc dịch vụ kế toán Huế, nên yêu cầu đơn vị thực hiện bàn giao bảng đối chiếu từng hóa đơn thay vì chỉ nhận số liệu tổng hợp.