Chi phí bị loại khi quyết toán thuế TNDN là cách gọi thông thường đối với khoản đã ghi nhận vào chi phí kế toán nhưng không đáp ứng điều kiện được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Khoản này thường phải điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế trên hồ sơ quyết toán, thay vì tự động xóa khỏi sổ kế toán.

Một khoản chi không được đánh giá chỉ dựa trên việc có hóa đơn. Cơ quan thuế có thể xem xét đồng thời tính thực tế, mục đích kinh doanh, hóa đơn, phương thức thanh toán, hợp đồng, hồ sơ nghiệm thu và cách hạch toán. Vì vậy, không thể khẳng định một khoản chắc chắn được chấp nhận nếu chưa kiểm tra toàn bộ hồ sơ và kỳ tính thuế áp dụng.

Khi nào chi phí có nguy cơ bị loại?

Theo Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 và văn bản hướng dẫn, nguyên tắc chung là khoản chi phải phát sinh thực tế, liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh, có đủ hóa đơn, chứng từ và đáp ứng điều kiện thanh toán theo quy định. Với các kỳ tính thuế thuộc chế độ pháp lý trước đó, doanh nghiệp cần đối chiếu Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC, được sửa đổi bởi Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC và các văn bản liên quan.

Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 1/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025. Do đó, khi rà soát hồ sơ, doanh nghiệp phải xác định đúng kỳ tính thuế, thời điểm phát sinh và quy định chuyển tiếp; không nên lấy một ngưỡng thanh toán hoặc một danh mục chi phí áp dụng cho mọi năm.

Các dấu hiệu rủi ro phổ biến gồm:

Giao dịch có hóa đơn nhưng không chứng minh được hàng hóa, dịch vụ đã thực tế được cung cấp.
Nội dung hóa đơn không phù hợp với ngành nghề, quy mô hoặc nhu cầu của doanh nghiệp.
Thanh toán bằng tiền mặt trong trường hợp pháp luật yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu nhập kho và chứng từ thanh toán mâu thuẫn nhau.
Chi lương, thưởng nhưng thiếu hồ sơ lao động hoặc chưa xác định rõ điều kiện hưởng.
Trích khấu hao tài sản không phục vụ kinh doanh, không thuộc quyền quản lý hợp pháp hoặc sai thời gian.
Khoản chi mang tính cá nhân, phạt vi phạm hoặc thuộc danh mục không được trừ.

Trước khi khóa số liệu, doanh nghiệp nên đối chiếu cả sổ kế toán và hồ sơ quyết toán thuế TNDN để tránh bỏ sót khoản cần điều chỉnh.

1. Rủi ro về hóa đơn, chứng từ

Ảnh minh hoạ: Chi phí bị loại khi quyết toán thuế TNDN: 6 nhóm

Hóa đơn hợp pháp là điều kiện quan trọng nhưng không phải bằng chứng duy nhất. Một hóa đơn đúng hình thức vẫn có thể bị nghi ngờ nếu doanh nghiệp không chứng minh được giao dịch có thật hoặc không giải trình được lợi ích kinh tế của khoản chi.

Tình huống thường gặp

Hóa đơn ghi sai tên hàng hóa, dịch vụ, mã số thuế hoặc thời điểm lập.
Hóa đơn đầu vào không khớp với hợp đồng, phiếu nhập kho hoặc biên bản nghiệm thu.
Nhà cung cấp ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn.
Mua hàng của cá nhân, hộ hoặc đối tượng không sử dụng hóa đơn nhưng doanh nghiệp không lập hồ sơ theo trường hợp đặc thù.
Chi phí được ghi nhận từ bảng kê nội bộ dù giao dịch không thuộc trường hợp pháp luật cho phép lập bảng kê.
Hóa đơn có thật nhưng hàng hóa, dịch vụ phục vụ nhu cầu cá nhân hoặc không liên quan đến doanh thu, hoạt động kinh doanh.

Checklist chứng từ

[ ] Hóa đơn điện tử có đầy đủ nội dung bắt buộc và tra cứu được trạng thái.
[ ] Thông tin người mua, người bán và hàng hóa, dịch vụ phù hợp với giao dịch thực tế.
[ ] Hợp đồng, đơn đặt hàng hoặc đề nghị mua hàng khớp với hóa đơn.
[ ] Có phiếu giao hàng, phiếu nhập kho, biên bản nghiệm thu hoặc tài liệu chứng minh dịch vụ đã hoàn thành.
[ ] Có hồ sơ điều chỉnh hoặc thay thế nếu hóa đơn phát hiện sai sót.
[ ] Có tài liệu chứng minh hàng hóa, dịch vụ được sử dụng cho hoạt động kinh doanh.
[ ] Với giao dịch đặc thù không có hóa đơn, đã xác định đúng đối tượng và lập đủ bảng kê, chứng từ mua hàng, chứng từ chi tiền theo quy định áp dụng.

Việc kiểm tra hóa đơn cũng cần gắn với kê khai thuế đầu vào. Doanh nghiệp có thể rà soát đồng thời quy trình kế toán thuế GTGT vì điều kiện khấu trừ thuế GTGT và điều kiện tính chi phí được trừ không hoàn toàn giống nhau.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14; Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP. Đối với kỳ tính thuế theo quy định cũ, đối chiếu Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC và Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC.

2. Rủi ro về điều kiện thanh toán

Phương thức thanh toán là nguyên nhân khiến nhiều khoản chi có hóa đơn và giao dịch thật vẫn phát sinh rủi ro. Doanh nghiệp cần kiểm tra quy định có hiệu lực tại kỳ tính thuế tương ứng.

Theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, trừ trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ. Đối với kỳ tính thuế thuộc chế độ trước đó, Thông tư 96/2015/TT-BTC quy định điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từng lần từ 20 triệu đồng trở lên, tính theo giá đã có thuế GTGT.

Không nên áp dụng máy móc một trong hai ngưỡng trên nếu chưa xác định kỳ tính thuế, thời điểm mua hàng, thời điểm thanh toán và quy định chuyển tiếp.

Tình huống thường gặp

Người lao động hoặc người quản lý dùng tài khoản cá nhân thanh toán nhưng thiếu quyết định ủy quyền và chứng từ hoàn ứng.
Thanh toán tiền mặt cho hóa đơn thuộc trường hợp phải thanh toán không dùng tiền mặt.
Chuyển tiền vào tài khoản không phải tài khoản của bên bán nhưng không có căn cứ hợp pháp.
Bù trừ công nợ, vay mượn hoặc thanh toán qua bên thứ ba nhưng hợp đồng không quy định và thiếu biên bản đối chiếu.
Chia nhỏ giao dịch hoặc hóa đơn để né điều kiện thanh toán.
Hóa đơn mua trả chậm chưa đến hạn tại thời điểm quyết toán nhưng sau đó được thanh toán không đúng phương thức.

Checklist chứng từ

[ ] Ủy nhiệm chi, giấy báo nợ hoặc sao kê thể hiện rõ bên trả, bên nhận và nội dung thanh toán.
[ ] Số tiền thanh toán được đối chiếu với từng hóa đơn và công nợ nhà cung cấp.
[ ] Hợp đồng quy định rõ thời hạn, phương thức và tài khoản nhận tiền.
[ ] Hồ sơ ủy quyền, tạm ứng và hoàn ứng đầy đủ nếu cá nhân thanh toán thay doanh nghiệp.
[ ] Biên bản bù trừ công nợ, cấn trừ ba bên hoặc hồ sơ thanh toán qua bên thứ ba phù hợp với hợp đồng.
[ ] Công nợ mua trả chậm được theo dõi đến thời điểm thanh toán thực tế.
[ ] Không có dấu hiệu cố ý chia nhỏ giao dịch để thay đổi điều kiện thanh toán.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Với kỳ tính thuế thuộc chế độ cũ, áp dụng Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi bởi Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC.

3. Rủi ro về hợp đồng và hồ sơ thực hiện

Hợp đồng không phải là điều kiện bắt buộc riêng cho mọi khoản chi. Tuy nhiên, với dịch vụ tư vấn, quảng cáo, vận chuyển, sửa chữa, thuê tài sản, môi giới hoặc giao dịch có giá trị đáng kể, hợp đồng và hồ sơ thực hiện thường là căn cứ quan trọng để chứng minh giao dịch có thật.

Tình huống thường gặp

Hợp đồng mô tả dịch vụ chung chung, không có phạm vi công việc hoặc kết quả bàn giao.
Ngày ký hợp đồng sau ngày nghiệm thu hoặc sau ngày xuất hóa đơn nhưng không có tài liệu giải thích.
Biên bản nghiệm thu chỉ ghi “đã hoàn thành” mà không xác định khối lượng, thời gian và người phụ trách.
Chi phí tư vấn, quảng cáo hoặc môi giới không có báo cáo công việc, dữ liệu triển khai hay sản phẩm bàn giao.
Hợp đồng thuê tài sản không xác định nghĩa vụ thuế, chi phí điện nước, sửa chữa hoặc bên chịu trách nhiệm xuất hóa đơn.
Người ký không phải đại diện hợp pháp và không có giấy ủy quyền.

Checklist chứng từ

[ ] Hợp đồng hoặc đơn đặt hàng xác định rõ đối tượng, giá trị, thời hạn và phương thức thanh toán.
[ ] Phụ lục hợp đồng thể hiện phần việc phát sinh hoặc thay đổi so với thỏa thuận ban đầu.
[ ] Hồ sơ thể hiện quá trình thực hiện: email, lịch làm việc, nhật ký, báo cáo hoặc dữ liệu giao nhận.
[ ] Biên bản nghiệm thu ghi rõ khối lượng, chất lượng, thời điểm hoàn thành và người xác nhận.
[ ] Sản phẩm bàn giao phù hợp với loại dịch vụ: báo cáo, thiết kế, nội dung, dữ liệu, hồ sơ kỹ thuật hoặc kết quả công việc.
[ ] Hóa đơn và chứng từ thanh toán phù hợp với điều khoản hợp đồng.
[ ] Người ký có thẩm quyền hoặc có giấy ủy quyền hợp lệ.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Bộ luật Dân sự số 91/2015/QH13; Luật Thương mại số 36/2005/QH11; Luật Kế toán số 88/2015/QH13. Với hồ sơ thuộc chế độ cũ, đối chiếu thêm Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung.

4. Rủi ro về tiền lương, thưởng và phúc lợi

Chi lương không chỉ cần bảng lương và chứng từ chi tiền. Doanh nghiệp còn phải chứng minh người lao động thực tế làm việc, mức hưởng có căn cứ và khoản chi đã được ghi nhận, thanh toán đúng quy định của kỳ tính thuế.

Tình huống thường gặp

Có tên trên bảng lương nhưng không có hợp đồng lao động, hồ sơ nhân sự hoặc dữ liệu chấm công.
Thưởng cuối năm, thưởng doanh số nhưng điều kiện và mức hưởng không được quy định trong hồ sơ của doanh nghiệp.
Khoản lương đã hạch toán nhưng chưa chi tại thời điểm phải hoàn tất hồ sơ quyết toán, đồng thời không đáp ứng điều kiện trích lập quỹ dự phòng tiền lương.
Phụ cấp, công tác phí hoặc tiền hỗ trợ không có quy chế và chứng từ liên quan.
Chi trả cho chủ doanh nghiệp hoặc người quản lý nhưng không xem xét quy định riêng theo loại hình pháp lý và vai trò thực tế.
Số liệu bảng lương không khớp với sổ kế toán, hồ sơ bảo hiểm hoặc kê khai thuế TNCN.

Checklist chứng từ

[ ] Hợp đồng lao động, quyết định tuyển dụng, bổ nhiệm hoặc hồ sơ giao việc.
[ ] Bảng chấm công, dữ liệu sản lượng, lịch làm việc hoặc tài liệu chứng minh người lao động thực tế làm việc.
[ ] Bảng lương có căn cứ tính lương, phụ cấp, khấu trừ và số tiền thực nhận.
[ ] Quy chế lương, quy chế thưởng, thỏa ước lao động tập thể hoặc điều khoản trong hợp đồng lao động xác định rõ điều kiện hưởng.
[ ] Chứng từ chi lương hoặc sao kê chuyển khoản khớp với bảng lương.
[ ] Quyết định công tác, hóa đơn, vé và bảng thanh toán công tác phí nếu có.
[ ] Hồ sơ trích lập và sử dụng quỹ dự phòng tiền lương nếu doanh nghiệp áp dụng.
[ ] Đối chiếu giữa chi phí lương, hồ sơ bảo hiểm và kê khai thuế TNCN; giải trình được các chênh lệch hợp lý.

Do tiền lương liên quan trực tiếp đến nghĩa vụ của từng cá nhân, bước kiểm tra quyết toán thuế TNCN nên được thực hiện cùng với rà soát chi phí thuế TNDN.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Bộ luật Lao động số 45/2019/QH14. Với kỳ tính thuế thuộc chế độ trước, đối chiếu Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC được sửa đổi bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC và Thông tư 25/2018/TT-BTC.

5. Rủi ro về tài sản cố định và khấu hao

Khấu hao kế toán không mặc nhiên là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. Doanh nghiệp phải chứng minh tài sản thuộc quyền sở hữu hoặc quyền quản lý, sử dụng hợp pháp, được dùng cho hoạt động kinh doanh và trích khấu hao đúng chế độ.

Tình huống thường gặp

Tài sản không có hóa đơn, hợp đồng mua bán, biên bản bàn giao hoặc hồ sơ đăng ký quyền sở hữu.
Tài sản đứng tên cá nhân nhưng doanh nghiệp trích khấu hao mà không có hồ sơ góp vốn, chuyển giao hoặc thuê hợp lệ.
Tài sản chưa đưa vào sử dụng nhưng đã bắt đầu trích khấu hao.
Tài sản dùng cho mục đích cá nhân hoặc đồng thời dùng cho kinh doanh nhưng không phân bổ hợp lý.
Nguyên giá bao gồm khoản không liên quan hoặc không có chứng từ.
Thời gian và phương pháp khấu hao không nhất quán với chế độ quản lý tài sản cố định.
Tài sản đã khấu hao hết nhưng vẫn tiếp tục ghi nhận chi phí khấu hao.
Phương tiện hoặc tài sản thuộc nhóm bị giới hạn mức khấu hao tính vào chi phí được trừ nhưng doanh nghiệp không thực hiện điều chỉnh.

Checklist chứng từ

[ ] Hợp đồng mua tài sản, hóa đơn và chứng từ thanh toán.
[ ] Biên bản giao nhận, nghiệm thu và đưa tài sản vào sử dụng.
[ ] Hồ sơ đăng ký quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng đối với tài sản phải đăng ký.
[ ] Quyết định ghi tăng tài sản và thẻ tài sản cố định.
[ ] Hồ sơ xác định nguyên giá và các chi phí trực tiếp liên quan.
[ ] Bảng tính khấu hao thể hiện phương pháp, thời gian và thời điểm bắt đầu trích.
[ ] Tài liệu chứng minh địa điểm, bộ phận và mục đích sử dụng tài sản.
[ ] Bảng phân bổ phần sử dụng cho kinh doanh nếu tài sản có mục đích sử dụng hỗn hợp.
[ ] Biên bản kiểm kê, sửa chữa, thanh lý hoặc điều chuyển khi phát sinh.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15; Nghị định 320/2025/NĐ-CP; Thông tư 45/2013/TT-BTC về quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung. Đối với kỳ tính thuế trước, đối chiếu thêm quy định về khấu hao tại Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC đã được sửa đổi.

6. Chi phí không phục vụ hoạt động kinh doanh

Đây là nhóm cần đánh giá dựa trên bản chất giao dịch. Một khoản chi có thể hợp pháp về mặt dân sự và có đầy đủ hóa đơn nhưng vẫn không được trừ nếu không liên quan đến hoạt động tạo doanh thu, duy trì hoạt động hoặc thực hiện nghĩa vụ của doanh nghiệp.

Tình huống thường gặp

Chi tiêu cá nhân của chủ doanh nghiệp, thành viên góp vốn hoặc người quản lý.
Mua hàng hóa, tài sản phục vụ gia đình nhưng hạch toán vào doanh nghiệp.
Chi tiếp khách, đi lại hoặc lưu trú không xác định được đối tượng, mục đích công việc.
Tiền phạt vi phạm hành chính, tiền chậm nộp thuế hoặc các khoản thuộc danh mục không được trừ.
Khoản tài trợ không đúng đối tượng, mục đích hoặc thiếu hồ sơ theo quy định.
Thuế TNDN phải nộp và các khoản thuế, tiền phạt không được tính vào chi phí theo quy định.
Chi phí đã được nguồn khác bù đắp hoặc đã được tính vào giá trị tài sản nhưng tiếp tục ghi nhận vào chi phí trong kỳ.
Khoản chi không tương xứng với quy mô, lĩnh vực và hoạt động thực tế nhưng không có giải trình kinh tế.

Checklist chứng từ

[ ] Đề nghị chi hoặc quyết định phê duyệt nêu rõ mục đích kinh doanh.
[ ] Danh sách người tham gia, chương trình làm việc hoặc tài liệu liên quan đối với công tác, hội nghị và tiếp khách.
[ ] Hồ sơ chứng minh mối liên hệ giữa khoản chi và hoạt động tạo doanh thu hoặc vận hành doanh nghiệp.
[ ] Quy chế chi tiêu nội bộ và thẩm quyền phê duyệt.
[ ] Hồ sơ tài trợ xác định đúng đối tượng, mục đích và chứng từ bàn giao.
[ ] Đối chiếu để loại trừ việc ghi nhận trùng chi phí hoặc ghi nhận đồng thời vào nguyên giá tài sản.
[ ] Tách rõ phần chi cho doanh nghiệp và phần chi mang tính cá nhân.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu: khoản 2 Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Với các kỳ tính thuế thuộc quy định trước đây, danh mục chi phí không được trừ được xác định theo khoản 2 Điều 6 Thông tư 78/2014/TT-BTC, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC và các văn bản liên quan.

Quy trình rà soát thuế TNDN trước khi quyết toán

Doanh nghiệp có thể thực hiện theo sáu bước:

Chốt phạm vi kỳ tính thuế: xác định văn bản có hiệu lực và quy định chuyển tiếp áp dụng cho từng giao dịch.
Xuất sổ chi tiết chi phí: phân loại theo nhà cung cấp, tài khoản, nội dung, giá trị và phương thức thanh toán.
Đối chiếu ba lớp: so sánh sổ kế toán với hóa đơn, hồ sơ thực hiện và chứng từ thanh toán.
Khoanh vùng giao dịch rủi ro: ưu tiên khoản chi lớn, nội dung bất thường, thanh toán tiền mặt, giao dịch với cá nhân và nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro.
Xử lý chênh lệch: bổ sung chứng từ hợp lệ, điều chỉnh hóa đơn hoặc xác định khoản phải điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế.
Lưu hồ sơ giải trình: lập bảng tổng hợp nêu rõ nội dung, căn cứ pháp lý, hướng xử lý và người phê duyệt.

Không nên sửa chứng từ hoặc lập hồ sơ hồi tố trái với bản chất giao dịch. Nếu không đủ bằng chứng chứng minh khoản chi, phương án thận trọng là đánh giá tác động thuế và thực hiện điều chỉnh phù hợp, đồng thời lưu lại lý do xử lý.

Doanh nghiệp nên xử lý thế nào khi phát hiện rủi ro?

Nếu sai sót nằm ở hóa đơn, doanh nghiệp cần phối hợp với người bán để xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử. Nếu thiếu hồ sơ thực hiện, chỉ bổ sung tài liệu phản ánh đúng giao dịch đã xảy ra; không tạo nghiệm thu, hợp đồng hoặc báo cáo công việc không có thật.

Trường hợp khoản chi đã hạch toán nhưng không đáp ứng điều kiện được trừ, doanh nghiệp cần phân biệt chênh lệch giữa kế toán và thuế. Khoản chi có thể vẫn tồn tại trên sổ kế toán nhưng phải được tổng hợp để điều chỉnh khi lập tờ khai quyết toán thuế TNDN. Sai sót ảnh hưởng đến hồ sơ đã nộp cần được xem xét khai bổ sung theo Luật Quản lý thuế và văn bản hướng dẫn.

Đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa tại Đà Nẵng, Huế, việc rà soát nên thực hiện trước hạn nộp hồ sơ thay vì chờ đến khi cơ quan thuế kiểm tra. Một đơn vị cung cấp dịch vụ kế toán công ty TNHH có thể hỗ trợ đối chiếu sổ sách, hóa đơn, tiền lương và khấu hao; tuy nhiên, kết luận cuối cùng vẫn phải dựa trên hồ sơ thực tế của từng doanh nghiệp.

Khi lựa chọn dịch vụ kế toán Đà Nẵng, dịch vụ kế toán Huế hoặc đơn vị hỗ trợ khai báo thuế, doanh nghiệp nên yêu cầu phạm vi công việc rõ ràng: kiểm tra chứng từ chi phí, xác định quy định theo đúng kỳ tính thuế, lập danh sách rủi ro và giải thích căn cứ điều chỉnh. Không có đơn vị nào nên cam kết mọi khoản chi chắc chắn được chấp nhận khi chưa xem xét hồ sơ và bản chất giao dịch.