Doanh nghiệp mới thành lập phải kê khai thuế gì phụ thuộc vào hoạt động thực tế, phương pháp tính thuế, việc phát sinh doanh thu, trả thu nhập và các sắc thuế chuyên ngành. Với doanh nghiệp thông thường, checklist cơ bản gồm đăng ký giao dịch thuế điện tử, đăng ký hóa đơn điện tử, khai lệ phí môn bài, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, thuế thu nhập doanh nghiệp và tổ chức hệ thống kế toán.

Doanh nghiệp không nên chờ đến khi có doanh thu mới thực hiện các thủ tục này. Một số nghĩa vụ khai thuế vẫn phát sinh dù chưa có hóa đơn đầu ra hoặc chưa có số thuế phải nộp.

Checklist việc cần làm về thuế sau khi thành lập công ty

Sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, có thể triển khai theo trình tự sau:

Kiểm tra mã số doanh nghiệp, cơ quan thuế quản lý và thông tin đăng ký thuế.
Mua chữ ký số và đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử.
Mở tài khoản thanh toán phục vụ hoạt động của doanh nghiệp.
Xác định phương pháp tính thuế GTGT và kỳ khai thuế theo tháng hoặc quý.
Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi lập hóa đơn bán hàng, cung cấp dịch vụ.
Xác định thời gian được miễn, thời hạn khai và mức nộp lệ phí môn bài.
Thiết lập hồ sơ lao động, tiền lương và quy trình khấu trừ thuế TNCN.
Tổ chức sổ sách, lựa chọn chế độ kế toán và ghi nhận vốn góp, tài sản, chi phí ban đầu.
Lập lịch khai thuế định kỳ, nộp thuế tạm tính và quyết toán cuối năm.
Kiểm tra nghĩa vụ thuế đặc thù nếu có hoạt động xuất nhập khẩu, kinh doanh hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, khai thác tài nguyên hoặc mua dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài.

Nếu thủ tục đăng ký kinh doanh chưa hoàn tất, doanh nghiệp có thể tham khảo quy trình thành lập doanh nghiệp trước khi triển khai công việc thuế và kế toán.

Căn cứ pháp lý cần đối chiếu

Các nghĩa vụ trong checklist được xác định chủ yếu theo:

Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, quy định nguyên tắc đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế, thời hạn nộp hồ sơ và quản lý giao dịch điện tử.
Nghị định 126/2020/NĐ-CP, quy định chi tiết kỳ khai thuế, hồ sơ khai thuế, trường hợp không phải nộp hồ sơ và nghĩa vụ tạm nộp thuế TNDN.
Nghị định 91/2022/NĐ-CP, sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 126/2020/NĐ-CP, trong đó có quy định liên quan đến tạm nộp thuế TNDN và khai thuế TNCN.
Thông tư 80/2021/TT-BTC và các văn bản sửa đổi còn hiệu lực, hướng dẫn biểu mẫu, thủ tục khai, nộp, hoàn và quản lý các khoản thuế.
Nghị định 139/2016/NĐ-CP, được sửa đổi bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP, áp dụng đối với lệ phí môn bài.
Nghị định 123/2020/NĐ-CP và quy định sửa đổi, hướng dẫn hiện hành về hóa đơn điện tử.
Luật Kế toán, các chuẩn mực và chế độ kế toán phù hợp với quy mô doanh nghiệp.

Hóa đơn điện tử và chế độ kế toán còn được điều chỉnh bởi các văn bản chuyên ngành riêng. Vì vậy, doanh nghiệp cần kiểm tra hiệu lực văn bản tại thời điểm phát sinh giao dịch, thay vì chỉ dựa vào một thông tư hoặc một biểu mẫu cũ.

Đăng ký thuế và tài khoản giao dịch điện tử

Ảnh minh hoạ: Doanh nghiệp mới thành lập phải kê khai thuế gì?

Doanh nghiệp có phải đăng ký mã số thuế riêng không?

Đối với doanh nghiệp đăng ký theo pháp luật doanh nghiệp, mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế. Thông tin đăng ký thuế cơ bản được chuyển từ cơ quan đăng ký kinh doanh sang cơ quan thuế, nên doanh nghiệp thường không phải nộp thêm một bộ hồ sơ để xin mã số thuế lần đầu.

Sau khi được cấp mã số, doanh nghiệp vẫn cần kiểm tra:

Tên, địa chỉ trụ sở, người đại diện theo pháp luật và vốn điều lệ.
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Tình trạng hoạt động của mã số thuế.
Ngành nghề và địa điểm kinh doanh có ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.
Thông tin đơn vị phụ thuộc như chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh.

Khi thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, công ty thực hiện thủ tục qua cơ quan đăng ký kinh doanh đối với nội dung thuộc cơ chế liên thông. Các thông tin thuế không được liên thông phải được cập nhật theo thời hạn và mẫu biểu đang áp dụng.

Đăng ký giao dịch thuế điện tử

Doanh nghiệp nên chuẩn bị chữ ký số, tài khoản ngân hàng và tài khoản trên hệ thống thuế điện tử ngay sau khi thành lập. Đây là các công cụ cần thiết để ký tờ khai, nộp hồ sơ, nhận thông báo và nộp tiền thuế.

Quy trình thực hiện thường gồm:

Đăng ký chữ ký số đứng tên doanh nghiệp.
Kích hoạt tài khoản giao dịch điện tử với cơ quan thuế.
Đăng ký ngân hàng dùng để nộp thuế điện tử.
Kiểm tra địa chỉ email và số điện thoại nhận thông báo.
Phân quyền người lập, người kiểm tra và người ký tờ khai.

Doanh nghiệp chưa quen thao tác có thể tham khảo hướng dẫn kê khai thuế điện tử qua mạng để hạn chế lỗi chữ ký số, sai kỳ tính thuế hoặc nộp nhầm cơ quan quản lý.

Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp phải hoàn tất đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và được cơ quan thuế chấp nhận trước khi phát hành hóa đơn. Không có một thời hạn chung buộc mọi doanh nghiệp phải xuất hóa đơn ngay sau ngày thành lập; thời điểm thực tế phụ thuộc vào lúc phát sinh giao dịch bán hàng hoặc cung cấp dịch vụ. Tuy nhiên, thủ tục đăng ký phải hoàn thành trước khi lập hóa đơn đầu tiên.

Checklist hóa đơn điện tử gồm:

Chọn giải pháp hóa đơn đáp ứng chuẩn dữ liệu của cơ quan thuế.
Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo mẫu hiện hành.
Xác định doanh nghiệp sử dụng hóa đơn có mã hay không có mã của cơ quan thuế.
Cài đặt chữ ký số và phân quyền người lập hóa đơn.
Thiết lập đúng tên, địa chỉ, mã số thuế, đơn vị tính, thuế suất và thông tin người mua.
Ban hành quy trình kiểm tra, điều chỉnh, thay thế và xử lý hóa đơn sai sót.
Lưu trữ hóa đơn đầu ra, đầu vào cùng hồ sơ chứng minh giao dịch.

Thời điểm lập hóa đơn không phải lúc nào cũng trùng với thời điểm khách hàng thanh toán. Doanh nghiệp phải căn cứ loại hàng hóa, dịch vụ và quy định hóa đơn hiện hành để xác định đúng thời điểm. Hóa đơn điện tử cũng không thay thế hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu xuất kho, chứng từ thanh toán và các hồ sơ chứng minh giao dịch có thật.

Kê khai lệ phí môn bài cho doanh nghiệp mới

Có được miễn lệ phí môn bài năm đầu không?

Doanh nghiệp thành lập mới được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập, tính từ ngày 1 tháng 1 đến ngày 31 tháng 12 của năm đó. Nếu công ty được thành lập vào cuối năm, thời gian miễn chỉ kéo dài đến hết năm dương lịch, không được tính đủ 12 tháng kể từ ngày cấp đăng ký doanh nghiệp.

Trong thời gian doanh nghiệp được miễn, chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh được thành lập thuộc trường hợp đáp ứng điều kiện theo quy định cũng được xem xét miễn trong cùng thời gian.

Thời hạn khai và nộp lệ phí môn bài

Doanh nghiệp mới thành lập phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài chậm nhất ngày 30 tháng 1 của năm liền sau năm thành lập. Sau thời gian miễn, thời hạn nộp tiền lệ phí môn bài hằng năm thường là ngày 30 tháng 1.

Mức lệ phí đối với tổ chức được xác định theo vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư:

Căn cứ xác định	Mức lệ phí môn bài một năm
Vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng	3.000.000 đồng
Vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống	2.000.000 đồng
Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh và đơn vị kinh tế khác	1.000.000 đồng

Nếu thay đổi vốn làm thay đổi bậc lệ phí, doanh nghiệp cần kiểm tra nghĩa vụ khai lại theo thời hạn của năm tiếp theo. Không nên hiểu việc được miễn tiền năm đầu là được miễn luôn thủ tục khai.

Kê khai thuế GTGT, TNCN và TNDN

Thuế giá trị gia tăng

Doanh nghiệp cần xác định phương pháp tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp. Việc lựa chọn phải dựa trên điều kiện áp dụng, hồ sơ đăng ký và hoạt động thực tế; không nên chỉ căn cứ vào việc doanh nghiệp đã mua phần mềm hóa đơn.

Doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý nếu đáp ứng quy định. Sau khi hoạt động đủ thời gian để xác định doanh thu của năm trước, kỳ khai thuế được xem xét lại theo ngưỡng doanh thu hiện hành.

Một số nguyên tắc cần nhớ:

Khai theo tháng: hạn nộp hồ sơ là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo.
Khai theo quý: hạn nộp hồ sơ là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo.
Chưa phát sinh doanh thu hoặc không có thuế phải nộp không đồng nghĩa với việc tự động được miễn nộp tờ khai.
Doanh nghiệp tạm ngừng trọn kỳ và đã thông báo đúng quy định có thể thuộc trường hợp không phải nộp hồ sơ trong thời gian tạm ngừng.
Thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ khi đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ và thanh toán theo quy định.

Nội dung về đối tượng, kỳ khai và phương pháp tính được trình bày thêm trong phần quy định về kê khai thuế GTGT.

Thuế thu nhập cá nhân

Doanh nghiệp phát sinh trả tiền lương, tiền công phải xác định nghĩa vụ khấu trừ và khai thuế TNCN. Kỳ khai TNCN theo tháng hoặc quý được xác định theo quy định quản lý thuế và thường gắn với kỳ khai GTGT của doanh nghiệp.

Các trường hợp chính:

Có khấu trừ thuế TNCN: nộp tờ khai theo kỳ tháng hoặc quý.
Không phát sinh khấu trừ thuế TNCN trong kỳ: không phải nộp tờ khai tháng hoặc quý theo quy định hiện hành.
Có trả thu nhập nhưng chưa đến mức khấu trừ: phải lưu bảng lương, hợp đồng lao động và chứng từ thanh toán để chứng minh.
Cuối năm: xem xét nghĩa vụ quyết toán thuế TNCN, danh sách cá nhân ủy quyền và chứng từ khấu trừ.

Hạn nộp tờ khai TNCN tháng là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo; tờ khai quý là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo. Hồ sơ quyết toán năm của tổ chức trả thu nhập có thời hạn chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

Thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp không nộp tờ khai thuế TNDN tạm tính theo quý nhưng phải tự xác định và tạm nộp số thuế phát sinh. Thời hạn nộp tiền thuế TNDN tạm tính quý là ngày thứ 30 của quý tiếp theo.

Tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của bốn quý không được thấp hơn tỷ lệ tối thiểu theo quy định so với số thuế phải nộp theo quyết toán năm. Theo quy định đang áp dụng tại Nghị định 91/2022/NĐ-CP, tỷ lệ này là 80%. Nếu tạm nộp thiếu, doanh nghiệp có thể phải tính tiền chậm nộp trên phần thiếu theo quy định.

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm được nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính. Doanh nghiệp chưa có doanh thu vẫn phải theo dõi chi phí, lỗ và nghĩa vụ nộp hồ sơ quyết toán, trừ trường hợp được pháp luật quy định khác.

Các sắc thuế phát sinh theo hoạt động

Ngoài các khoản trên, doanh nghiệp có thể phải khai thêm:

Thuế nhà thầu khi mua dịch vụ hoặc trả thu nhập cho tổ chức, cá nhân nước ngoài thuộc diện chịu thuế tại Việt Nam.
Thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế.
Thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường khi có hoạt động khai thác.
Thuế xuất khẩu, nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu.
Nghĩa vụ của hoạt động kinh doanh bất động sản, xây dựng ngoại tỉnh hoặc chuyển nhượng vốn.

Không nên đăng ký hoặc nộp tờ khai cho mọi sắc thuế nếu doanh nghiệp không phát sinh hoạt động tương ứng. Cách an toàn là đối chiếu ngành nghề, hợp đồng và dòng tiền thực tế.

Chuẩn bị hồ sơ thuế ban đầu và chế độ kế toán

Hồ sơ thuế ban đầu doanh nghiệp gồm những gì?

Pháp luật không quy định một bộ hồ sơ thuế ban đầu giống nhau để mọi doanh nghiệp đều phải nộp ngay sau khi thành lập. Cụm từ hồ sơ thuế ban đầu thường được dùng để chỉ nhóm tài liệu doanh nghiệp cần chuẩn bị nhằm tổ chức kế toán và giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu.

Bộ hồ sơ nội bộ nên có:

Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, điều lệ và hồ sơ góp vốn.
Thông tin người đại diện theo pháp luật, giám đốc và người phụ trách kế toán.
Hợp đồng thuê trụ sở, chứng từ thanh toán và hồ sơ chứng minh quyền cho thuê.
Chữ ký số, tài khoản thuế điện tử và tài khoản ngân hàng.
Hồ sơ đăng ký hóa đơn điện tử.
Quyết định bổ nhiệm người phụ trách kế toán hoặc hợp đồng dịch vụ kế toán.
Quy chế tài chính, quy trình thanh toán và tạm ứng.
Hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng lương và hồ sơ bảo hiểm nếu có nhân sự.
Hợp đồng kinh tế, biên bản giao nhận, nghiệm thu, hóa đơn và chứng từ thanh toán.
Hồ sơ tài sản cố định, công cụ dụng cụ, hàng tồn kho và chi phí trước hoạt động.

Doanh nghiệp không nên nộp một bộ tài liệu theo danh sách truyền miệng nếu không có yêu cầu hoặc căn cứ pháp lý. Trước khi nộp, cần xác định tài liệu đó là hồ sơ khai thuế bắt buộc, hồ sơ đăng ký điện tử hay tài liệu phục vụ kiểm tra thông tin.

Lựa chọn chế độ kế toán

Doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể áp dụng chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa nếu thuộc phạm vi điều chỉnh. Trường hợp lựa chọn chế độ kế toán doanh nghiệp nói chung hoặc thuộc lĩnh vực đặc thù, công ty phải tuân thủ nhất quán hệ thống tài khoản, sổ sách, chứng từ và báo cáo tương ứng.

Ngay từ đầu, doanh nghiệp cần thống nhất:

Năm tài chính và kỳ kế toán.
Đồng tiền ghi sổ kế toán.
Hệ thống tài khoản và hình thức sổ kế toán.
Phương pháp quản lý hàng tồn kho, phân bổ công cụ dụng cụ và khấu hao tài sản.
Quy trình ghi nhận doanh thu, chi phí và công nợ.
Người chịu trách nhiệm lập, kiểm tra và ký chứng từ.
Lịch đối chiếu hóa đơn, ngân hàng, tiền lương và nghĩa vụ thuế.

Việc thuê dịch vụ kế toán thành lập công ty không làm chuyển toàn bộ trách nhiệm pháp lý khỏi doanh nghiệp. Người đại diện theo pháp luật vẫn cần kiểm tra dữ liệu đầu vào, phê duyệt hồ sơ và bảo đảm giao dịch được ghi nhận trung thực.

Bảng thời hạn khai thuế doanh nghiệp mới

Nghĩa vụ	Thời hạn cơ bản
Đăng ký hóa đơn điện tử	Hoàn thành trước khi lập hóa đơn đầu tiên
Khai lệ phí môn bài	Chậm nhất ngày 30 tháng 1 của năm liền sau năm thành lập
Nộp lệ phí môn bài	Thường chậm nhất ngày 30 tháng 1 hằng năm sau thời gian được miễn
Tờ khai thuế GTGT, TNCN theo tháng	Ngày thứ 20 của tháng tiếp theo
Tờ khai thuế GTGT, TNCN theo quý	Ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo
Tạm nộp thuế TNDN theo quý	Ngày thứ 30 của quý tiếp theo
Quyết toán thuế TNDN, TNCN năm	Ngày cuối cùng của tháng thứ ba sau khi kết thúc năm tài chính hoặc năm dương lịch
Báo cáo tài chính năm	Theo hạn của chế độ kế toán và pháp luật thuế, thông thường cùng giai đoạn quyết toán năm

Nếu hạn nộp trùng ngày nghỉ, thời hạn được xử lý theo quy định về ngày làm việc tiếp theo. Doanh nghiệp có năm tài chính khác năm dương lịch cần tính mốc quyết toán theo ngày kết thúc năm tài chính của mình.

Những sai sót doanh nghiệp mới thường gặp

Cho rằng chưa có doanh thu thì không cần nộp bất kỳ tờ khai nào.
Quên khai lệ phí môn bài vì được miễn tiền trong năm đầu.
Xuất hóa đơn trước khi được chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Chọn sai kỳ khai thuế tháng hoặc quý.
Nộp tờ khai đúng hạn nhưng quên nộp số thuế phát sinh.
Hạch toán chi phí khi thiếu hợp đồng, hóa đơn hoặc chứng từ thanh toán hợp lệ.
Không theo dõi khoản góp vốn và thời hạn góp đủ vốn điều lệ.
Không lập hồ sơ lao động dù đã trả lương cho giám đốc hoặc nhân viên.
Dùng tài khoản cá nhân để thu, chi nhưng không có hồ sơ giải trình.
Chỉ lưu dữ liệu trên phần mềm hóa đơn mà không tổ chức chứng từ và sổ kế toán đầy đủ.

Doanh nghiệp có thể sử dụng một lịch tuân thủ riêng cho từng tháng, quý và năm. Phần hướng dẫn khai thuế và xử lý lỗi phổ biến giúp kiểm tra thêm các lỗi về kỳ khai, biểu mẫu và dữ liệu hồ sơ.

Câu hỏi thường gặp

Công ty mới chưa có doanh thu có phải khai thuế GTGT không?

Thông thường vẫn phải nộp tờ khai GTGT theo kỳ đã xác định, kể cả khi chưa phát sinh doanh thu hoặc số thuế phải nộp bằng không. Trường hợp tạm ngừng hoạt động trọn kỳ và hoàn thành thủ tục thông báo có thể được áp dụng quy định khác.

Không trả lương có phải nộp tờ khai thuế TNCN không?

Nếu không phát sinh trả thu nhập và không khấu trừ thuế TNCN, doanh nghiệp không phải nộp tờ khai TNCN tháng hoặc quý. Tuy nhiên, cần phân biệt giữa không trả lương và đã trả lương nhưng không phát sinh số thuế khấu trừ.

Có bắt buộc nộp hồ sơ thuế ban đầu tại cơ quan thuế không?

Không có một bộ hồ sơ thuế ban đầu thống nhất áp dụng cho mọi doanh nghiệp. Công ty chỉ nộp các hồ sơ đăng ký, tờ khai và tài liệu thuộc trường hợp pháp luật quy định hoặc theo yêu cầu hợp lệ của cơ quan có thẩm quyền.

Doanh nghiệp mới có được khai thuế theo quý không?

Doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động có thể lựa chọn khai thuế GTGT theo quý theo điều kiện của Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Kỳ khai TNCN được xác định theo quy định tương ứng. Khi đã có doanh thu của năm trước, doanh nghiệp phải đánh giá lại điều kiện khai quý.

Nên tự làm hay thuê dịch vụ kế toán?

Doanh nghiệp có ít giao dịch và nhân sự am hiểu pháp luật có thể tự tổ chức kế toán. Nếu chưa có người theo dõi hóa đơn, tiền lương, sổ sách và thời hạn kê khai, thuê dịch vụ sẽ giúp phân công trách nhiệm rõ hơn. Khi lựa chọn dịch vụ kế toán Đà Nẵng hoặc dịch vụ kế toán Huế, nên yêu cầu phạm vi công việc cụ thể: khai báo thuế định kỳ, xử lý hóa đơn, làm sổ kế toán, báo cáo tài chính, quyết toán thuế và hỗ trợ giải trình.

Dù tự thực hiện hay thuê dịch vụ kế toán, doanh nghiệp vẫn cần cung cấp chứng từ đầy đủ, xác nhận số liệu trước khi nộp và lưu thông báo tiếp nhận của cơ quan thuế. Đây là cơ sở quan trọng để kiểm soát rủi ro trong năm đầu hoạt động.